Khoảng năm 1965, hoà thượng Giác Nhu và hoà thượng Giác Thường thuộc Giáo đoàn 1 đứng ra vận động thành lập Giáo hội Tăng già Khất sĩ Việt Nam. Bên Ni chúng cũng có 5 đoàn do quý Ni Cô Huỳnh Liên, Ngân Liên, Trí Liên, Diệu Liên, Tạng Liên làm trưởng đoàn. Các đoàn đã du hóa khắp Nam phần và Miền duyên hải Trung phần.

Tháng 05 năm 1966, đại hội đầu tiên được triệu tập để thành lập Ban Trị sự Giáo hội Tăng Già Khất sĩ Việt Nam, nhiệm kỳ I (1966 - 1969). Tổ đình Minh Đăng Quang ở ngã ba Cát Lái, xa lộ Biên Hòa. Hội đồng lãnh đạo trung ương gồm Viện Chỉ Đạo do Thượng Tọa Giác Nhiên làm Tổng Trị Sự.